Будаўніцтва гэтага храма ў Ваўкавыску пачалося ў 1863 годзе па ініцыятыве купца Феадосія Сідароўскага. Храм быў асвечаны ў лістападзе 1864 года ў гонар апосталаў Пятра і Паўла, аднак будаўнічыя работы працягваліся да 1867 года. У 1911 годзе ў царкве быў дабудаваны прыдзел, асвечаны ў гонар свяціцеля Аляксія, мітрапаліта Маскоўскага. Падчас Першай сусветнай вайны царкоўная маёмасць храма была вывезена ў Казань. З пачаткам баявых дзеянняў Вялікай Айчыннай вайны, 27 чэрвеня 1941 года, царква згарэла. Сёння на месцы царквы знаходзіцца гарадскі сквер.